zzcudaprirode.com - Popularni, popularno-znanstveni i informativni portal - Znanost, Priroda, Tehnologija, Ekologija, Meteorologija, Medicina, Obrazovanje, Zanimljivosti


Hrvatski znanstvenici razvili su novu računalnu metodu za ispravljanje pogrešaka u određivanju nepoznatih genoma

E-mail Ispis PDF

Nova metoda 'Racon' će imati velik utjecaj na efikasno sastavljanje nepoznatih genoma srednje veličine te na razvoj biologije, medicine i agronomije. Tim znanstvenika iz Centra za informatiku i računarstvo Instituta Ruđer Bošković (IRB), Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju Fakulteta elektrotehnike i računarstva (FER) i A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS) razvio je novu, brzu i točnu metodu 'Racon' za ispravljanje pogrešaka u sekvenciranim podatcima treće generacije, namijenjenu za primjenu u određivanju nepoznatih genoma.

"Racon je zamišljen kao samostalna komponenta za podizanje točnosti rezultata sastavljanja postojećih brzih i nepreciznih metoda. Rezultati su pokazali kako primjena Racona u ovoj kombinaciji omogućava ubrzanje čak i do nekoliko stotina puta u odnosu na postojeće precizne metode, pri čemu zadržava razinu točnosti istih preciznih metoda" - objašnjava dr. sc. Ivan Sović iz Centra za informatiku i računarstvo IRB-a.

Naime, zahvaljujući novoj generaciji uređaja za sekvenciranje genoma, koje su razvile tvrtke Pacific Biosciences i Oxford Nanopore Technologies, a koji čitaju puno dulje fragmente od postojećih tehnologija (do nekoliko stotina tisuća nukleotida) znanstvenici su danas na korak do kvalitetnog i jeftinog određivanja nepoznatih genoma.

Do sada su se u tim situacijama morali koristiti spori i jako skupi postupci zbog kojih je kod većine vrsta očitani genom fragmentiran, a uključuje i nepoznate dijelove. Problem koji se pojavio kod novih tehnologija sekvenciranja je što imaju veću pogrešku. Zbog toga većina postojećih metoda pokušava prvo smanjiti tu pogrešku međusobnim ispravljanjem očitanih fragmenata, no taj pristup dugo traje.

"Usporedno i neovisno s kolegom s Broad Instituta (zajednički institut MIT-a i Harvarda) razmatrali smo ideju da se taj korak pokuša preskočiti. Kolega s Broad Institut je prvi objavio rad u kojem je uspio sastaviti genome tim pristupom, no uspio je dobiti samo grubu procjenu sekvence (točnost do 90%) pri čemu je ta metoda bila i preko 1000 puta brža od prethodnih, što je za dugačke genome biljaka i kralježnjaka važno"- pojašnjava izv.prof.dr.sc. Šikić te dodaje kako je od presudne važnosti za široku primjenu brzih metoda sastavljanja i potreba za dobivanjem visoke točnosti sastavljenih sekvenci. IRB


cudaprirode.com

PODIJELI S PRIJATELJIMA



Ključne riječi: irb  institut ruđer bošković  genetika  genom  dnk  

|| O stranici || Kontakt || Prijatelji || cudaprirode.com

Čuda Prirode koristi kolačiće za pružanje boljeg korisničkog iskustva i funkcionalnosti. Cookie postavke mogu se kontrolirati i konfigurirati u vašem web pregledniku. Nastavkom pregleda web stranice Čuda Prirode slažete se sa korištenjem kolačića. Više o kolačićima saznajte ovdje.

EU Cookie Directive plugin by www.channeldigital.co.uk